Thomas Müntzer (1489-1525) hatte sich für die Befreiung der Bauern von der Leibeigenschaft engagiert. So hatte er 1524 auf Schloss Allstedt die sozialen Missstände anprangert. Seine Fürstenpredigt missfiel dem sächsischen Kurfürsten und Müntzer flüchtete nach Mühlhausen, damals eine der der bedeutendsten Städte Thüringens. Die Altstadt Mühlhausen ist sehr gut erhalten. Zu den Wirkstätten Müntzers zählen:
die gotische Marienkirche. In der – nach dem Erfurter Dom – zweitgrößten Kirche Thüringens predigte Müntzer.
Das Wohnhaus von Thomas Müntzer steht südwestlich der Kirche (Ecke Herrenstraße/An der Marienkirche). Dort kam der Architekt Friedrich Stüler (1800-65) zur Welt. Er plante u. a. das Neue Museum und die Alte Nationalgalerie (UNESCO-Welterbe Museumsinsel Berlin).
Die 2,7 km lange Stadtmauer ist fast auf ganzer Länge erhalten. Vor dem Inneren Frauentor steht das Thomas-Müntzer-Denkmal (siehe Foto). Nach der verlorenen Schlacht bei Frankenhausen (1525) wurde Müntzer mit anderen Anführern vor dem Tor enthauptet.
An den Bauernkrieg erinnern das Mühlhausener Bauernkriegsspektakel (Ende Mai) und die Kornmarktkirche. Der Bettelorden der Franziskaner erbaute die Kirche Mitte des 13. Jhd.s gegen den Widerstand des Deutschritterordens. Sie dient heute als Bauernkriegsmuseum. Webseite: https://mhl-museen.de/kornmarktkirche.html
Mühlhausen ist außerdem Wirkstätte von Johann Sebastian Bach. Er war von 1708-09 Organist in der Divi-Blasii-Kirche.