Borkum liegt im Westen des Nationalparks an der Ems-Mündung. Borkum ist mit 31 km² die größte der ostfriesischen Inseln – allerdings erst seit dem 19. Jahrhundert. Zuvor gab es zwei Inseln, Westland und Ostland. Auf Borkum liegt die Stadt Borkum (5.100 Einw.). Zu den Sehenswürdigkeiten zählen – neben Strand, Dünen und Marschland – die drei Leuchttürme, das Feuerschiff „Borkumriff“, das Heimatmuseum „Dykhus“ und die drei Kirchen. Borkum ist von Emden per Fähre oder per Flugzeug erreichbar. Wattwanderungen nach Borkum sind nicht erlaubt.
Juist (16,43 km²) liegt östlich von Borkum. Sie ist mit 17 km West-Ost-Ausrichtung die längste der ostfriesischen Inseln, aber nur wenige hundert Meter breit. Im Ort Loog informiert das Küstenmuseum Juist über das Inselleben. Sehenswürdigkeiten sind das Weiße Schloss am Meer ( „Strandhotel Kurhaus Juist“, 1898), der Wasserturm (1927-28), der auf der höchsten Düne steht sowie der Otto-Lege-Pfad, der durch die Salzwiesen führt. Der Leuchtturm Memmertfeuer (1995) ist ein touristischer Gag und dient nicht der Seeschiffahrt. Die Optik stammt von einem Leuchturm auf der südlich gelgenen Insel Memmert. Juist ist erreichbar per Flugzeug, Schiff oder Wattwanderung.