Ein Werk aus der Riemenschneider-Werkstatt ist der sogenannte „Riemenschneider-Altar“ im nördlichen Seitenschiff. Es handelt sich dabei gar nicht um einen Altar, sondern um Figuren, die man 1926 in einem Gehäuse zusammenstellte.
Auch das Leben Riemenschneiders (1460-1531) verlief nicht nur in ruhigen Bahnen. Während der Bauernkriege wurde Riemenschneider – wie allen anderen Ratsherren der Stadt Würzburg – gefoltert. Er geriet in Vergessenheit, erst 1882 entdeckte man den Grabstein mit seinem Namen.
Weitere Altäre sind u. a. der Georgenchoraltar (1836/37), der Kirchgattendorfer Altar (um 1520, nördliches Seitenschiff) und der Mühlhausener Altar (Ende 15. Jahrhundert, nördliches Querhaus).